港口、海岸及近海工程学科由两院院士严恺教授创建于1952年。1981年海岸工程成为首批硕、博士点，近海工程成为首批硕士点。1990年港口航道工程为同类学科中全国唯一的博士点，1994年被评为江苏省重点学科。1996年海岸工程成为水利部重点学科。1997年学科调整后被列为国家“211工程”重点建设学科；2000年获准设立国家高层次人才奖励计划特聘教授岗位；2005年获准建设海岸灾害及防护教育部重点实验室；2007年被评为国家重点学科。

2008年获建国家优势学科创新平台；2013年获准建设江苏高校协同创新中心。所在的一级学科“水利工程”在教育部开展的第三轮和第四轮学科评估中分别排名全国第一和A+，并于2017年入围国家一流建设学科名单。学科坚持“港航并重、河海兼顾”的特色，以“国家急需、世界一流”的指导思想，凝炼特色、传承发展、内强外联，形成了河口海岸动力环境变化过程、河口海岸多源水灾害预报及防灾减灾、海岸潮滩资源开发与保护、海洋工程设计及海洋新能源开发、港口工程结构耐久性及通航建筑物设计等5个特色鲜明学科方向。